Seminar by Dr. Nadav Ahituv
UCSCのNadav Ahituv先生によるセミナー「Functional characterization and therapeutic targeting of gene regulatory elements」を12/18 水曜日に開催します。
2025
D3GおよびUCSC Genome Browserデータベースの紹介記事 (実験医学増刊)
D3G および UCSC Genome Browser データベースに関する紹介記事を、「実験医学増刊「オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53」に寄稿しました。 D3Gは核酸医薬開発をサポートするために私たちが開発・運営しているデータベースです。UCSC Genome Browserはゲノムに...
MBSJ2025 Symposium
日本分子生物学会 2025年会(MBSJ2025)にて、シンポジウム「ゲノム科学を駆動するゲノム機能・構造データとデータベース」（1AS-08）を開催しました（事後のお知らせになってしまいました。すみません）。
miRNAs in blood exosomes from schizophrenia patients
我々が貢献した研究が論文として出版されました。 統合失調症における血中miRNAに関する研究です。 統合失調症プロジェクトとの共同研究です。
Prognostic markers in unclassifiable DLBCL
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）において分類不能とされている症例における、予後関連遺伝子変異を明らかにした研究が、発表されました。東京都立駒込病院との共同研究による成果です。
Outstanding Oral Presentation Award at IIBMP2025 to Dr. Hara
今は北里大学で活躍されている原先生との共同研究に関するIIBMP2025での学会発表「時間の”巻き戻し”による遺伝子と転写制御の協調的進化の解明」が、優秀口頭発表賞を受賞しました。
Drug inducible cis-regulatory elements
薬剤に応答して遺伝子の発現を上昇させるシス制御エレメントに関する論文が、出版されました。 抗がん剤の副作用に関わるUGT1A1や、薬剤摂取によるカルシウム欠乏症といった副作用を左右するゲノム領域を見つけた、という内容です。 データ解析はもちろんですが、CAGE法での測定や(エピ)ゲノム編集による検証も今の研究室で...
Spatial transcriptome of developping mouse brain
マウスの脳発生 (胎生後期および出生後) 過程での分子マーカーを、空間発現解析を用いて同定した論文が出版されました。 脳神経回路形成プロジェクトとの共同研究です。 (以前にご紹介したプレプリントが、論文として採択されたものになります)。
New leadership
新しい組織体制で研究をすすめていくことになりました。益々がんばっていきますので、今後ともどうぞよろしくお願いします！
Komagome-Igakuken Reserch conference, 10th
駒込病院と都医学研の研究交流を目的とした駒込・医学研リサーチカンファレンスにて、世話人を川路が務めました。
Molecular signatures in Giant Cell Arteritis
指定難病である巨細胞性動脈炎に関する研究成果をまとめた論文が、出版されました。 この疾患に関与する新たな遺伝子群を特定し、さらに責任細胞である多核巨細胞の特徴を明らかにした、という報告です。 東京都立病院機構との共同研究の成果です。 (プレスリリース 都医学研 , 都立病院機構)
2024
Article on fanta.bio
我々が構築したfanta.bioデータベースに関する報告を含む論文が出版されました (プレスリリース都医学研、理研、JST )。 理化学研究所との共同研究の成果です。
MBSJ2024 - mini-symposium and research presentations
日本分子生物学会 2024年会(MBSJ2024)にて、ミニシンポジウム「ゲノム科学を駆動するゲノム機能・構造データとデータベース」（1MS-12。11/27, 15:10~）を開催します。 遺伝子データベースGencodeをリードされているAdam Frankish先生(EMBL-EBI)をお招きし、長鎖シーケ...
Frontiers in Single Cell Genomics, AWAJI, JAPAN
コールド・スプリング・ハーバー・アジア国際会議 Frontiers in Single Cell Genomicsにて、巨細胞性動脈炎を対象とした一細胞発現解析・空間発現解析について、招待講演を行いました。
Resarch Grant Awarded for studies on eRNA and drug responses
齊藤 紗希さんの研究提案が、武田科学振興財団 医学系研究助成、および持田記念医学薬学振興財団 研究助成に採択されました。
Open call
機能ゲノミクス・バイオインフォマティクス分野における常勤研究員を募集します(公募内容)。一緒に研究を進めてくださる方、ぜひご連絡ください。見学なども歓迎です。
Drug inducible enhancers
プレプリントを公開しました。肝細胞が薬剤などの異物を取り込んだ時に起きる遺伝子発現変化を調節するゲノム領域（エンハンサー）を新しく見つけた、という内容です。CAGEによるトランスクリプトーム解析、ゲノム情報解析、ゲノム編集などのデータを積み重ねています。
Transcribed enhancer atlas in helper T cells
我々が貢献した研究が論文として出版されました。ヘルパーT細胞におけるエンハンサー (遺伝子発現のスイッチ) を網羅的に明らかにした成果です。理化学研究所 生命医科学研究センターや京都大学高等研究院 ヒト生物学高等研究拠点等との共同研究です。 プレスリリース
Evaluation of long read RNA-seq
現在、長鎖シーケンサーを用いたRNA測定技術やそのデータ処理技術が数多く開発されています。そこで、我々を含む国際共同研究 The Long-read RNA-seq Genome Annotation Assessment Project (LRGASP) プロジェクトでは、 それら技術の有効性評価を行いました。...
New member!
新しいメンバー、井手 聖さんが加わりました。ようこそ！ Dr Satoru IDE joined us as a new member.
Farewell…
活躍いただいていた、原 雄一郎さんが、北里大学未来工学部・データサイエンス学科に転任されることになりました。ご活躍を期待しています!
fanta.bio - a new database of cis-regulatory elements
遺伝子発現を制御するゲノム領域であるシスエレメントを収載した、新しいデータベースfanta.bioを構築し、公開しました。転写されるエンハンサー (transcribed enhancer) を含むデータベースとして世界最大規模であり、ChIP-Atlas, MoG+, Togovarに収載されている転写因子結合...
Komagome-Igakuken Reserch conference, 9th
駒込病院と都医学研の研究交流を目的とした駒込・医学研リサーチカンファレンスにて、世話人を川路が務めました。また、臨床研究の可能性をより大きく広げる上で活用できる近年の技術について、紹介をしました。
2023
lymph node metastasis prediction from clinical parameters of endometrial cancer patients
子宮体がん患者において、リンパ節転移の有無を臨床パラメータを用いて予測する手法を開発しました。リンパ節郭清手術が必要かどうかを決める際の参考情報として、少しでもより良いものを、という臨床のニーズに応えるものです。 順天堂大学医学部 産科・婦人科、神奈川県立がんセンター等との共同研究の成果です。
Open call(closed)
募集は終了しました。The open call has been closed.
PADI4 gene contributes to neuronal recovary after ischemic stroke
我々が貢献した研究が論文として出版されました。一種の脂肪酸およびこれによって発現が誘導されるPADI4遺伝子が、脳卒中後の神経細胞回復に貢献することを示す成果です。脳卒中ルネサンスプロジェクト（現：東京医科歯科大学 難治疾患研究所 神経炎症修復学分野）との共同研究です。
Spatial transcriptome of mouse nasal cavity after intranasal vaccination
我々が貢献した研究が論文として出版されました。鼻腔内ワクチン接種後の免疫細胞の早期応答を、空間トランスクリプトームにより明らかにした成果です。感染制御プロジェクトとの共同研究です。
Spatial transcriptome of developmental mouse brain
プレプリントを公開しました。空間トランスクリプトームを用い、発生段階のマウス脳を丹念に調べ上げた研究です。解剖学的な構造に対応して発現する遺伝子マーカーを新しく同定した他、前障と呼ばれる領域には異なる細胞群からなる内部構造があることを示しました。脳神経回路形成プロジェクトとの共同研究です。
New member!
井田 尚美さんが新しく事務を担当してくださることになりました。昨年11月に加わったHettiarachchi Nilminiさんも含め、2023年度もがんばります！
Research proposal to AMED
AMEDへ提案していた研究課題が採択されました。核酸医薬の分野で利用いただいているD3Gを中心に、疾患におけるRNA分子完全長配列の解明に取り組みます。
Updates
更新が滞っていましたね、すみませんでした。論文リスト・メンバーリストを更新しました。
2022
Workshop at MBSJ2022
日本分子生物学会の年会(MBSJ2022)にて、ワークショップ「ゲノム機能・構造データを起点とするゲノム科学の展開」を開催しました。 招待演者は、Dr. Shashikant Pujar (NCBI)です。標準的に用いられている遺伝子モデルデータベースRefSeqに加え、 EMBL-EBIとの共同によるMANE ...
Open call (closed)
研究員の募集を開始しました。バイオインフォマティクス・ゲノミクスの方面でいっしょに研究してくださる方を募集しています。詳細はこちらをご覧ください。見学や質問の問い合わせも歓迎です。 We started an open call for a researcher in the field of bioinform...
New member!
新しいメンバー、渡邊 伸昌さんが加わりました。ようこそ！ Dr Nobumasa WATANABE joined us as a new member.
Reference Genome of Crab-eating Macaque
理化学研究所、京都大学等との共同研究成果であるカニクイザルの標準ゲノム配列について プレスリリース を行いました。We have made a press release on the reference assembly of crab-eating macaque genome, which is made ...
2021
Workshop at MBSJ
日本分子生物学会の年会にて、ワークショップ「ゲノム機能・構造データを起点とするゲノム科学の展開」を開催することになりました。招待演者は、UCSC Genome BrowserのAssociate DirectorをしているRobert Kuhn先生です。UCSCゲノムブラウザ開発チームの話を直接聞けるチャンスです...
Genome Informatics at CSHL
遺伝子発現調節領域の新しい同定法に関する研究が、Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開催される国際会議Genome Informaticsの口頭演題に採択され、発表を行いました。 Our research about a method to identify cis-re...
Loss of full-length Rif1 in 2 cell embryo ZGA
発生初期の2細胞期に転写が一挙に始まる重要なイベント、接合子ゲノム活性化と、DNA複製制御因子であるRif1の全長が失われる現象とがリンクしていることを明らかにしました。ゲノム動態プロジェクトとの共同研究です。 We found that absence of full-length Rif1, a DNA re...
New member!
新しいメンバー、夏目 豊彰さんが加わりました。ようこそ！ Dr Toyoaki NATSUME joined us as a new member.
Contribution to genome medicine
都医学研NEWSに 「がんゲノム医療」の拡充へ向けた都医学研の取り組みを寄稿しました。 We contributed an article, entitled “TMIMS’s contribution to Genome Medicine in Cancer” in TMiMS NEWS.
37th TMiMS Science Cafe
8/7(土)に、オンライン・サイエンスカフェ「ゲノム配列を、みる」を開催します。まだ登録は可能ですので、ご興味のある方はぜひ。 We are going to organize 37th TMiMS Scinece Cafe
Kumamushi genome
クマムシの一種であるチョウメイムシの全ゲノムを解読し、後生動物におけるトレハロース合成経路の平行進化を明らかにしました。東京大学との共同研究です。 We sequenced the whole genome of a trehalose-producing tardigrade, Paramacrobiotus...
Genome assemblies of non-human primates
非ヒト霊長類のカニクイザルとマーモセットに関するゲノムアセンブルを発表しました。カニクイザルのゲノムアセンブルについては、世界で最もよいアセンブルになっています。理化学研究所・慶應大学他との共同研究です。 We published genome assmeblies of non-human primates, ...
MicroRNA CNVs in schizophrenia
統合失調症の患者さんの一部には、ゲノムにmicroRNAのコピー数変異があることを報告しました。統合失調症プロジェクトとの共同研究です。 We found copy number variation of miRNAs in schizophrenia’s patients genomes, in collabo...
A series of mRNA isoforms
TACC2という遺伝子のmRNAに、200以上のmRNAアイソフォームがあることを報告しました。理化学研究所、順天堂大学との共同研究です。 We discovered more than 200 mRNA isoforms in a single gene, TACC2, in collaboration wit...
Open call (closed)
研究員(特任でない)募集を開始しました。wet/dryどちらも歓迎です。詳細はこちらをご覧ください。 We started an open call for a researcher. 募集は終了しました。The open call has been closed.
2020
Report of 10th TMIMS symposium
第10回 都医学研シンポジウムの開催レポートが公開されました。A report of the on-line symposium is available.
10th TMIMS symposium
第10回 都医学研シンポジウムを開催します。We are going to have an on-line symposium.
Introductory article on TMIMS NEWS
当センターに関する紹介記事を、都医学研NEWS No.039に寄稿しました。We contributed an introductory article to TMIMS NEWS No.039.
New member!
新しいメンバー、原 雄一郎さんが加わりました。ようこそ！ Dr Yuichiro HARA joined us as a new member.
Take off !
ゲノム医学研究センターが立ち上がりました。We, Research Center for Genome & Medical Sciences, officially started.