東京都医学総合研究所(とうきょうといがくそうごうけんきゅうじょ、英語略称:TMIMS)は、平成23年4月(2011.4)に3つの研究所(東京都神経科学総合研究所・東京都精神医学総合研究所・東京都臨床医学総合研究所)を統合し、新たな研究所として発足いたしました。さらに、平成24年4月1日(2012.4.1)付けで、東京都知事より、公益財団法人として認定されました。
今まで培ってきた成果をより発展させ、医学に関する研究を総合的に行うことにより、医学の振興を図り、その研究成果の普及をとおして、「10年後の東京」計画に掲げる、がんの早期発見や進行状況の診断法の開発、都が重点的に取り組んでいる保健医療施策を支える研究の推進、都立病院などの医療現場と連携した研究の推進による、新たな診断法の開発や診断精度の向上、研究成果の早期実用化や臨床応用の推進により、都民の医療と福祉の向上に寄与することを目指しています。