基盤技術支援センターは、動物実験開発室と研究技術開発室の2室で構成されています。いずれの室も、研究を支える基盤技術のサービスとより新しい基盤技術の開発研究とを主たる任務としています。

動物実験開発室はマウスやラットなど医学研究を支える実験動物の育成、飼養、そして提供を行なっています。特に、遺伝子改変動物をインハウスで作製することにより、所内の研究者により有効な遺伝子改変動物を迅速かつ安価に提供することを目的としています。本開発室は実験動物管理室と遺伝子改変動物室に分かれ、2つの部門が有機的に機能するよう、動物実験開発室室長のもと一元管理されています。

研究技術開発室では、マイクロアレイ解析、質量分析、実験器具の工作などの高度な研究支援業務を行っています。その傘下には図書室、情報システム室、中央映像室、デザイン・イラスト制作支援室があり、図書室の管理、ネットワークの管理、写真・映像データの取得、イラスト・グラフィックの作製支援をそれぞれ受け持っています。さらに、RI室、有害化学物質管理室、中央機器管理室は、放射性同位元素を用いた実験、有害化学物質の管理と廃棄、所内に設置されている共通利用機器の維持・運用をそれぞれサポートしています。最後に、学術支援室では、学術論文のトップジャーナル掲載を目指した支援を行うとともに、医学研ホームページ上で最新の研究情報を提供しています。