当図書室は、研究所の統合に伴って3つの図書室の機能と蔵書を合わせて開室しました。蔵書は主に和洋医学専門書であり、図書約15,000冊、雑誌約1,200タイトルを所蔵しています。

地上5階建ての研究所の2階3階にあり、広さは約338 ㎡、吹き抜けの窓が大きく広々とした明るい空間です。2階には、入口、カウンター、閲覧席、固定書架、製本雑誌約40,000冊を配架する電動書架があります。階段を上った3階には米国国立医学図書館分類法で配架されている図書の電動書庫があります。

研究所職員はIC カードを用いて24時間365日、いつでも図書室に入室でき、800タイトル以上の医学系電子ジャーナルやデータベースは、研究所内どこからでも利用できます。学術認証フェデレーションにも参加しています。

平日は司書が在室し、研究所職員を対象として、資料の貸出、文献複写サービス、レファレンス・サービスをはじめ、各種トライアルの実施や研究員向け講習会を開催しています。また、一般公開はしておりませんが、国内大学・病院図書館等との図書館連携や、都立病院・都医学系関連施設との相互利用を行っています。