当図書室は、研究所の統合に伴い3つの図書室の機能と蔵書を合わせて開室しました。蔵書は主に和洋医学専門書で、図書約15,000冊、雑誌約1,200タイトルを所蔵しています。

建物の2階3階に位置し、広さは約338 ㎡、吹き抜けの窓が大きく広々とした明るい空間です。2階は入口カウンター、各種資料展示のほか、会話と軽飲食が可能なアクティブエリアとして、ソファ席やテーブル席での少人数でのミーティング、オンラインブースでの個人オンラインミーティングに対応しています。電動書架には約40,000冊の製本雑誌を配架しています。階段でつながる3階はサイレントエリアとして、個人閲覧席やテーブル席を設置し、静かに資料閲覧や論文執筆等に利用します。電動書架には米国国立医学図書館分類法に則って専門図書を配架しています。

研究所職員はIC カードを用いて24時間365日、いつでも図書室に入室できます。800タイトル以上の医学系電子ジャーナルやデータベースは、研究所内どこからでも利用できます。また学術認証フェデレーションにも参加しています。

平日は司書が在室し、研究所職員を対象に、資料の貸出、文献複写サービス、レファレンス・サービス等を行っています。一般公開はしておりませんが、国内大学・病院等図書館との図書館連携や、都立病院・都医学系関連施設との相互利用を実施しています。