新規ゲノム編集システムの開発にむけた汎用的ソフトウェア群の開発
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| 演者 | 森 秀人 東京大学 先端科学技術研究センター 合成生物学分野 谷内江研究室 |
|---|---|
| 会場 | 東京都医学総合研究所 2階講堂 |
| 日時 | 2020年2月12日（水） 16:00 〜 |
| 世話人 | 宮岡 佑一郎 再生医療プロジェクトリーダー |
| 参加自由 | 詳細は下記問合せ先まで |
| お問い合わせ |
研究推進課 普及広報係 電話 03-5316-3109 |
講演要旨
周期的なDNAおよびタンパク質配列は、ゲノム進化、遺伝子発現制御、免疫系等の様々な生物学的事象に関連している。また、現在までに利用されているゲノム編集システムもその全てが周期的反復配列に関連している。私達はこの事実に注目し、大規模なゲノムデータセットから網羅的に周期的な配列を探索するソフトウェアSPADEを開発した。本セミナーでは、SPADEの性能、そして実際に補足した新規ゲノム編集タンパク質候補群について紹介する。また、現在開発に取り組んでいる新規の塩基置換技術Target-ACE及びゲノム編集結果の解析ソフトウェアについて、最近の結果を交えながら議論したい。
参考文献
- Hideto Mori, Daniel Evans-Yamamoto, Soh Ishiguro, Masaru Tomita, and Nozomu Yachie. Fast and global detection of periodic sequence repeats in large genomic resources. (2018) Nucleic Acids Research
- Rina C Sakata¶, Soh Ishiguro¶, Hideto Mori¶, Mamoru Tanaka, Motoaki Seki, Nanami Masuyama, Keiji Nishida, Hiroshi Nishimasu, Akihiko Kondo, Osamu Nureki, Masaru Tomita, Hiroyuki Aburatani, Nozomu Yachie. A single CRISPR base editor to induce simultaneous C-to-T and A-to-G mutations. (2019) bioRxiv
